- Desarrollo de la biotecnología para el cultivo integrado multitrófico de organismos acuáticos en sistemas cerrados con base en peces marinos, pepino y erizo de mar, macroalgas y plantas halófitas.
- Nutrición acuícola.
- Cultivo de tilapia.
- Taxonomía, ciclos de vida y ecología de parásitos de organismos acuáticos silvestres y cultivados.
- Patrones de transmisión de parásitos en series de tiempo de largo plazo.
- Comunidades de bacterias y parásitos como indicadores de estrés ambiental.
- Teledetección satelital.
- Análisis geoespacial.
- Gestión integrada del espacio costero.
- Virología con énfasis en patógenos que afectan a plantas como a especies marinas de interés para la Península de Yucatán.
- Análisis ecológico y funcional de los ecosistemas costeros y marinos a través de las poblaciones de peces.
- Utilización de los peces en la evaluación de la calidad del ambiente, y en los cambios originados por el cambio climático.