El Departamento de Ingeniería Genética comprende 17 investigadores quienes trabajan en proyectos de investigación básica y aplicada, muchos de ellos enfocados a resolver problemas específicos del sector agrícola de México. El Departamento también tiene una fuerte reputación en la formación de profesionales desde tesis de licenciatura y un programa de posgrado consolidado (maestría y doctorado), así como mediante estancias de investigación, sabáticas y posdoctorales, todos basados en el desarrollo de proyectos de investigación.
La investigación desarrollada en el Departamento es sustentada con fondos de la industria, así como de agencias estatales, federales e internacionales y abarca los siguientes tópicos: Interacción planta-microbio y planta-insecto, Genética, genómica y evolución, Fisiología, Bioquímica y metabolismo, Biotecnología.
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